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《明史》历经九十五年编纂完成，其中对明太祖朱元璋的评价堪称极高。
“帝天授智勇，统一方夏，经纬武文，为汉、唐、宋诸君所未及。当其肇造之初，能沉几观变，次第经略，绰有成算。”
赞曰：太祖以聪明神武之资，怀济世安民之志，乘时应运，豪杰景从，戡乱摧强，十五载而成帝业。崛起布衣，奄奠海宇，西汉以后所未有也。惩元政废弛，治尚严峻，而能礼致耆儒，考礼定乐，昭揭经义，尊崇正学，加恩胜国，澄清吏治，修人纪，崇风教，正后宫名义，内治肃清，禁宦竖不得干政。
五府六部官职相维，置卫屯田，兵食俱足。武定祸乱，文致太平，太祖实身兼之。至于雅尚志节，听蔡子英北归。晚岁忧民益切，尝以一岁开支河暨塘堰数万以利农桑，备旱潦。用此子孙承业二百余年，士重名义，闾阎充实。至今苗裔蒙泽，尚如东楼、白马，世承先祀，有以哉！”
清朝对朱元璋的评价可以说是史无前例的高，从第一段便直接给出定论，称其功绩超越了汉、唐、宋三朝君主。
这种高度评价的背后，或许与元、清两朝的出身背景有关。虽然清朝与元朝同属北方游牧民族建立的政权，但清朝始终注重满蒙贵族联姻，因此在正统性上更为稳固。
若清朝也提及元朝，则从逻辑上说得通，但史书并未如此。不过在“惩元政废弛”的表述中，早已默认了元朝的缺陷，这未尝不是一种侧面肯定明太祖朱元璋超越了元朝。
清朝对朱元璋的各项制度设计也进行了梳理，并给予了高度评价。包括严整吏治、抑制宦官、制定礼乐、推行卫所屯田、兴修水利等措施。同时，还提到他宽待义士、体恤百姓等仁政作为补充。
最后，更是称赞其晚年功绩与遗泽，指出正是朱元璋建立的制度与惠民举措，才使得明朝延续了二百七十六年，朱氏皇族也因此得以绵延不绝。
由此可见，清朝对明太祖朱元璋的评价极高，甚至可以说只褒不贬。史官在撰写“本纪赞”时，是以传统正史的正统史观为基础，整体风格偏颂扬，刻意避开了朱元璋严刑峻法及大肆诛杀功臣等负面评价。
那么，为何清朝会如此评价明太祖朱元璋？
一方面，这是出于政权正统性的考量。一般来说，新朝建立后，往往会迅速着手修史，其目的不仅在于记录前朝，更在于确立自身政权的合法性。
清朝于1644年入关，1645年尚未统一全国，局势仍不明朗，却急着开始修纂《明史》。其实这并非真正意义上的修史，而只是一个形式上的安排，本质是为了表明明朝已亡，清朝是明朝之后的合法继承者。
在这样的逻辑下，新朝对前朝的评价往往不会太过苛刻。毕竟，他们都是顺应天命而来的统治者，不过是时代不同，先后有别。若是对前朝一味踩低，让其形象越来越差，那么未来若被取代，恐怕也会被后来者同样地踩低。
更何况，虽然清朝与明朝之间曾有数十载的战争，但明朝的灭亡是由李自成所导致，而清朝则是打着替明朝复仇的旗号入关。
这种缓冲使得清朝在修史时，无法也不愿全面贬低明朝。甚至在正面叙述中，会试图抬高一些明朝皇帝，以形成一种“明朝好，清朝也好的”印象，然后借李自成之手将明朝推翻，再以“天命所归”为由承接社稷神器。
因此，对于明朝开国皇帝明太祖朱元璋，自然也要给予极高评价，以此作为对前明的间接肯定，同时拉拢那些仍对明朝心怀眷恋的士大夫群体。
另一方面，从具体历史角度来看，明朝与清朝之间真正存在恩怨的，主要是明神宗万历帝，再远便是“成化犁廷”的明宪宗成化帝。
其余皇帝，与清朝并无太多直接恩怨，甚至有些只是历史上的普通君主。要对其进行攻击，只能集中在有关系的几位。若对全朝皇帝进行无差别批评，代价显然太大。
万历帝便因此享受到了“特殊待遇”，并且这种不加掩饰的态度也让人印象深刻。
清朝初入关时，因打着替明朝复仇的旗号，对前明在北京昌平天寿山的十三座帝陵也给予了优待，其中十二座各设太监二名、夫役八名，照旧给田，仍由户部负责祭祀所需。唯独万历帝的定陵，未被纳入此种优待范围。
而明太祖朱元璋作为开国皇帝，与清朝之间并无直接恩怨，历史距离也较远。自然也就没有必要对其大加贬斥。
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